Maricá tem um complexo sistema lagunar com diversos rios, lagoas e canais. Abaixo estão as principais lagoas desse sistema:
A Lagoa de Maricá banha os bairros de Zacarias, Boqueirão, Araçatiba, Itapeba, Parque Nanci e São José do Imbassaí e é muito frequentada por quem passa pela cidade e por moradores da região. Tem sua maior parte voltada para a Restinga de Maricá, uma extensa área de proteção ambiental. É muito utilizada para a pesca, principalmente por comunidades pesqueiras em Zacarias e em São José do Imbassaí. Atualmente, três orlas urbanizadas são atrações turísticas nessa lagoa, como a orla da Praia das Amendoeiras, em São José, o Parque Aberto do Parque Nanci e a Orla de Araçatiba.
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A Lagoa da Barra de Maricá é uma das mais frequentadas, onde os banhistas aproveitam sempre um dia de sol forte na altura da Rua 13, próximo ao DPO e a quadra do bairro ou na Orla Zé Garoto no Boqueirão. Nela estão a Ponta da Preguiça e a Ilha Cardosa, ambas inclusas na Área de Proteção Ambiental (APA) de Maricá, criada em 1984.
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A Lagoa do Padre é uma homenagem feita pela Câmara Municipal de Maricá ao padre Cláudio Medeiros Franco e fica no bairro de Guaratiba. Fica situada entre as Lagoas da Barra e de Guarapina, com área de 2,20 Km2, é a menor do complexo lacustre de Maricá. Águas mornas, de pouca transparência.
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A Lagoa de Guarapina banha os bairros de Ponta Negra, Bambuí e Cordeirinho e entre os bairros de Bambuí e Cordeirinho, é muito comum a pesca e banho devido a suas águas limpas. Possui um canal que faz ligação para a Lagoa do Padre e que divide os bairros de Bambuí e Cordeirinho.
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A Lagoa de Jaconé fica entre os municípios de Maricá e Saquarema, possuindo pouco mais de 2,5 kms² de água verde cercada por mangues e brejos, a Lagoa de Jaconé é normalmente apreciada por pescadores, que buscam na lagoa o seu sustento, seja através da pesca por tarrafa ou da embarcada.
